法人税更正処分等取消請求事件
【事件番号】 東京地方裁判所判決／平成１２年（行ウ）第６９号
【判決日付】 平成１３年１１月９日
【判示事項】
一 課税処分の法的根拠に関する被告の主位的主張につき、時機に遅れたものとの嫌いは否めないが、「これにより訴訟の完結を遅延させることとなる」（民事訴訟法一五七条一項）ものとは認められないとされた事例
二 原告の一〇〇パーセント出資による海外子会社設立に当たって、いわゆる圧縮記帳の方法で多額の保有株式を現物出資し、当該子会社の株式につき多額の含み益を有していた原告が、当該子会社の株主総会において第三者に対する新株の有利発行の決議をすることにより、当該第三者に対し対価を得ずに多額の含み益を譲渡し、譲渡された含み益相当額の益金が発生したとして原告に対してされた法人税の更正処分につき、その根拠として主張された法人税法二二条二項及び同法一三二条一項一号の適用がいずれも否定され、更正処分が取り消された事例
【掲載誌】 訟務月報４９巻８号２４１１頁
について検討します。
主 文
１ 被告か平成１０年１２月１８日付けでした原告の平成６年１０月１日から平成７年９月３０日までの事業年度の法人税の更正処分のうち納付すべき税額２億６，４９４万２，３００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定を取り消す。
２ 訴訟費用は被告の負担とする。
事実及び理由
第１ 当事者の求めた裁判
１ 原告
（１）主文１項同旨
（２）主文２項同旨
（３）（２）項につき仮執行宣言
２ 被告
（１）原告の請求を棄却する。
（２）訴訟費用は原告の負担とする。
第２事案の概要
本件は、原告が１００パーセント出資してオランダに設立した外国子会社であるＯＢＵＮＳＨＡ ＡＴＬＡＮＴＩＣＢ．Ｖ．（以下「アトランティック社」という。）の株主総会において、新たに発行する新株全部を原告の外国における関連会社であるＡＳＵＫＡ ＦＵＮＤ Ｂ．Ｖ．（現商号はＣＵＬＴＵＲＥ ＣＯＭＭＵＮＩＣＡＴＩＯＮ ＦＵＮＤ Ｂ．Ｖｏ以下「アスカファンド社」という。）に著しく有利な価額で割り当てる決議を行い、原告が保有していたアトランティック社株式の資産価値を何らの対価も得ずにアスカファンド社に移転させたとして、
被告が、その移転した資産価値相当額をアスカファンド社に対する寄附金と認定し、原告の平成６年１０月１日から平成７年９月３０日までの事業年度（以下「平成７年９月期」という。）の法人税の更正処分（以下「本件更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下［本件賦課決定処分」という。）をしたところ、原告が、本件更正処分のうち納付すべき税額２億６，４９４万２，３００円を超える部分及び本件賦課決定処分はいずれも違法であるとしてその取消しを求めている事案である。
１ 法令の定め
（１）法人資産の無償譲渡に係る収益の益金算入
法人税法（以下「法」という。）２２条１項は、「内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする。」と定めるところ、同条２項は、「内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とする。」と規定し、法人の無償による資産の譲渡によって利益が実現したと認められる場合には、その収益が益金に算入されることを定めている。
（２）寄附金課税制度
法２２条３項は、「内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、次に掲げる額とする。」とし、その１号において「当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに準ずる原価の額」を、２号において「前号に掲げるもののほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（括弧内省略）の額」を、３号において「当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るもの」をそれぞれ損金の額に算入すべきこととしている。そして、法３７条１項は、「内国法人か、各事業年度において寄附金を支出した場合において、その寄附金の額につきその確定した決算において利益又は剰余金の処分による経理（利益積立金額をその支出した寄附金に充てる経理を含む。）をしたときは、第３項各号（括弧内省略）に規定する寄附金の額を除き、その経理をした金額は、その内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない。」と定め、同条２項は、「内国法人が各事業年度において支出した寄附金の額（前項の規定の適用を受けた寄附金の額を除く。以下省略）の合計額のうち、その内国法人の資本等の金額又は当該事業年度の所得の金額を基礎として政令で定めるところにより計算した金額（括弧内省略）を超える部分の金額は、その内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない。」と規定し、法人の金銭その他の資産又は経済的な利益の贈与又は無償の供与の金額（同条６項）か所定の損金算入限度額を超える場合には、その損金算入を否認するという寄附金課税制度を定めている。
（３）公正処理基準
法２２条４項は、法人の収益・費用等の額の計算につき、「第２項に規定する当該事業年度の収益の額及び前項各号に掲げる額は、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算されるものとする。」と規定している。
（４）同族会社の行為又は計算の否認
法１３２条は、「税務署長は、次に掲げる法人に係る法人税につき更正又は決定をする場合において、その法人の行為又は計算で、これを容認した場合には法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるときは、その行為又は計算にかかわらず、税務署長の認めるところにより、その法人に係る法人税の課税標準若しくは欠損金額又は法人税の額を計算することができる。」とし、その１号において「内国法人である同族会社」を同規定適用の対象としており、法２条１０号は、同族会社の意義を「株主等の３人以下並びにこれらと政令で定める特殊の関係のある個人及び法人が有する株式の総数又は出資の金額の合計額がその会社の発行済株式の総数又は出資金額の１００分の５０以上に相当する会社をいう。」としている。２前提事実（括弧内に証拠を掲げた事実のほかは、当事者間に争いのない事実である。）
（１）原告は、財団法人センチュリー文化財団（以下「センチュリー文化財団」という。）及び財団法人日本英語協会等を主要株主とする法２条１０号所定の同族会社に該当する法人である。
（２）原告は、平成３年９月４日、次のアの現物出資及びイの現金出資により、オランダに原告の１００パーセント出資の子会社としてアトランティック社を設立した。
ア 現物出資 １５億４，４００万円
（ア）全国朝日放送株式会社（以下「テレビ朝日」という。）株式 ３５５９株（受入価額１１億Ｏ，５００万円）
（イ）株式会社文化放送（以下「文化放送」という。）株式 １５万株（受入価額４億３，９００万円）
イ 現金出資 １億Ｏ，６００万円
上記出資総額は１６億５，０００万円に対し、発行された株式は、額面金額１株当たり１，０００オランダギルダー（以下［ギルダー」という。）の株式が２００株であり、同額面金額合計２０万ギルダー（１ギルダーを７５円として１，５００万円）を超える出資額は、アトランティック社において全額資本準備金として処理された。
（３）原告は、法５１条（たたし、平成１０年法律第２４号による改正（以下「平成１０年改正」という。）前のもの。外国子会社設立の際の現物出資についても、いわゆる圧縮記帳による課税の繰延べを認めていた。）に基づき、上記（２）アの現物出資につき、帳簿価額により出資したものとして、発行された株式の額面を超える部分の出資金額を圧縮記帳した。
（４）センチュリー文化財団は、平成７年２月１３日、オランダにアスカファンド社を設立し、同財団はアスカファンド社が発行する株式の全部を保有していた。
また、センチュリー文化財団は、平成７年２月１５日当時、原告の発行済株式のうち２５万０８８０株を保有する筆頭株主（保有割合４９．６パーセント）であり、原告の取締役相談役赤尾一夫は、同財団の理事長、アトランティック社の代表取締役及びアスカファンド社の取締役を兼ねており、原告の代表取締役であった赤尾文夫が同財団の評議委員、アトランティック社の代表取締役及びアスカファンド社の取締役を兼ねていた。
（５）原告は、平成７年２月１３日のアトランティック社の株主総会において、アトランティック社が新たに１株当たりの額面金額１，０００ギルダーの新株３０００株（以下「本件増資新株」という。）を発行し、その全部を、額面金額合計３００万ギルダーに３万Ｏ，３０３ギルダーを加えた３０３万Ｏ，３０３ギルダー（１株当たり１，０１０．１ギルダー）でアスカファンド社に割り当てる旨の決議をした（以下「本件決議」といい、本件決議に係る増資を「本件増資」という。）。
当時、アトランティック社の定款４条３項は、株式の発行及び株式取得権の援与に関して株主は優先権を持たないことを規定し、また、同条１項は、株主総会か株式の発行価格と発行条件を定めることを規定していた。また、同定款には、アトランティック社が発行する株式の中に異なる種類のものがあることは定められておらず、株主は、１株につき１票の議決権を有しており、株主総会決議は、全議決権の絶対過半数で成立するとされていた（乙１５）。
（６）アスカファンド社は、平成７年２月１５日、上記３０３万Ｏ，３０３ギルダーの増資払込をし、アトランティック社は、増資株式全部をアスカファンド社に割り当て、同年４月２０日、増資の登記手続をし、上記払込金額のうち発行した株式の額面金額合計３００万ギルダーを超える３万Ｏ，３０３ギルダーを資本準備金として処理した。
これにより、原告のアトランティック社株式の保有割合は、従前の１００パーセントから６．２５パーセントとなり、アスカファンド社が９３．７５パーセントの割合でアトランティック社の株式を保有することとなった。
（７）アトランティック社は、平成９年８月１８日、株主総会決議により定款を変更し（以下「本件定款変更」という。）、種類株（以下「Ｂ株」といい、本件定款変更前の定款上の普通株を「Ａ株」という。）についての定めを設けた。Ｂ株は、残余財産分配請求権がＡ株に優先するが、その額が額面額に限定される点がＡ株と異なっていた。
本件定款変更においては、株主総会決議は有効投票の９５パーセント以上をもって成立することに変更された（甲３）。
（８）原告は、被告に対し、平成７年１２月２７日、平成７年９月期の法人税について、所得金額を０円、納付すべき税額を２億６，４９４万２，３００円とする確定申告をし、同年１１月３０田こ同申告に係る法人税額を納付した。
（９）被告は、本件決議当時におけるアトランティック社株式の資産価値が１株当たり２３４万６，２５２．５５ギルダー（１億３，６４８万１，５１１円）であったのに、原告が、その価値を著しく下回る１株当たり１，０１０．１ギルダー（平成７年２月１５日時点で１ギルダーは５８．１７円）で３０００株もの新株をアスカファンド社に発行する本件決議をすることにより、原告が保有していたアトランティック社株式の資産価値２７２億９，６３０万２，２１９円を一挙に１７億１，７０３万５，９３４円まで減少させ、その差額である２５５億７，９２６万６，２８５円相当額を、何らの対価も得ずにアスカファンド社に移転させたもの（有価証券に係る利益の計上もれ）と認め、このような行為は営利を目的とする法人の行為としては不自然・不合理であり、法人税の負担を不当に減少させる行為であるとして、法１３２条を適用し、上記資産価値の移転をアスカファンド社に対する寄附金と認め、原告に対し、平成１０年１２月１８日付けで、課税所得金額を次のアのとおり２４９億５，３２０万４，３５１円、納付すべき税額を次のイのとおり９６億２，２３９万３，８００円とする本件更正処分及び１３億８，８６３万２，５００円の過少申告加算税を賦課する本件賦課決定処分をした（甲２４９）。
ア 課税所得金額
申告所得金額０円（（１））に対し
加算分 （２）有価証券に係る利益の計上もれ
２５５億７，９２６万６，２８５円
（３）寄附金の損金不算入額
２５２億５，９５２万５，４５６円
（４）加算金額合計（（２）＋（３））
５０８億３，８７９万１，７４１円
減算分 （５）寄附金として損金に算入すべき金額２５５億７，９２６万６，２８５円（６）繰越欠損金の当期控除額３億Ｏ，６３２万１，１０５円（７）減算金額合計（（５）＋（６））２５８億８，５５８万７，３９０円差引所得金額（（１）＋（４）－（７））２４９億５，３２０万４，３５１円
イ 納付すべき法人税額
（ア）上記アの課税所得金額（ただし、国税通則法１１８条１項の規定により１，０００円未満の端数切捨て後のもの。）に、法６６条（各事業年度の所得に対する法人税の税率）に規定する税率を乗じて算出した金額
９３億５，７４５万１，５００円
（イ）原告が被告に提出した平成７年９月期の法人税の確定申告書に記載した納付すべき法人税額
２億６，４９４万２，３００円（内訳は、課税土地譲渡利益金額に対する税額２億９，９７０万円から控除所得税額３，４７５万７，６３６円を差し引いた金額。ただし、国税通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数切捨て後のもの。）
（ウ）納付すべき法人税額（（７）＋（イ））
９６億２，２３９万３，８００円００）原告は、国税不服審判所長に対し、平成１１年２月５日、本件更正処分及び本件賦課決定処分を不服として審査請求を行ったが、これに対する裁決は同日から３か月を経過してもされなかった。
３ 争点及び争点についての各当事者の主張
本件の争点は、本件更正処分及び本件賦課決定処分の適法性であり、被告は、本件更正処分の適法性の根拠として、主位的に法２２条２項の適用を、予備的に法１３２条１項１号の適用を主張し、原告は、同主位的主張か時機に遅れた攻撃防御方法として却下されるべきである旨を主張するほか、被告の主位的主張及び予備的主張のいずれも争い、さらに、仮に被告の上記主張のいずれかが認められる場合につき、被告の主張する課税標準の基礎となる株式の資産価値評価を争い、かつ、本件賦課決定処分については原告には国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」があったと主張している。これらの点に関する各当事者の主張は別紙のとおりである。
第３争点に対する判断
１ 争点（１）（被告の主位的主張が時機に遅れたものとして却下されるべきか否か）について
（１） 一般に、民事訴訟における攻撃防御方法については、法律上の陳述であっても、同陳述に対する相手方当事者の防御等のために、同陳述がなければ弁論を終結できたであろう時機を超えて審理を続けざるを得なくなり、訴訟の完結を遅延させることとなると認められることもあり得ることであるから、民事訴訟法１５７条１項の定める「攻撃又は防御の方法」に本来的に法律上の陳述を含まないと解することはできない。
（２）本件において、被告は、平成１３年５月１４日の本件第５回口頭弁論期日の後である同年７月１３１１．当裁判所に対して第６準備書面を提出し、同準備書面の内容を、同年７月３０日の本件第６回口頭弁論期田こおいて陳述することにより、初めて前記主位的主張を主張するとともに、従前の主張を予備的主張とし、同期日において本件の弁論が終結に至ったことは当裁判所に顕著な事実であって、被告の主位的主張がされた客観的な時機が本件の弁論終結田こ近接した日であることからすれば、当審における審理の最終局面において初めて主位的主張がされたという点において、時機に遅れたものとの嫌いは否めない。しかも、本件処分は、原告に対して新たに１００億円を超える多額の税金の納付を命ずる非常に重大な処分であって、原告の状況からするとその死命を制しかねないものであるから、被告としては事前に慎重の上にも慎重を期した上でなすべきものであるにもかかわらず、既に処分から２年半余りが経過した後に、単なる予備的主張の追加にとどまらす主位的主張自体を全く新たなものに変更する形で新たな主張がされたことは、処分前の検討がはなはだ不十分であったことを示すものであって、そのこと自体は被告の職責に悖るものといわざるを得ない。
しかしながら、被告の同主張は、同年３月１９日の本件第４回口頭弁論期田こおける当裁判所の被告に対する求釈明を契機として主張されたものであること、同主張の基礎となる事実関係については従前被告が主張していた法１３２条の適用に関する主張に包含されるものであって、法律構成に関する新たな主張であること、したがって、本件においては、新たな主張がされたために新たな証拠調べを必要とするものではなかったこと、これに対して原告が速やかに対応したことによって、結果的にみても、上記のとおり被告の主位的主張の記載された準備書面が陳述された本件第６回口頭弁論期田こおいて本件の弁論が終結されており、原告代理人らに多大の負担をかけたことはともかくとして、本件訴訟の進行を遅延させるには至らなかったことの各事実も当裁判所に顕著な事実であり、これらの事情にかんがみれば、被告の主位的主張については、民事訴訟法１５７条１項が時機に遅れた攻撃防御方法の却下の要件として定める「これにより訴訟の完結を遅延させることとなる」ものとは認められないというべきである。
（３）したがって、被告の主位的主張が民事訴訟法１５７条１項により却下されるべきである旨の原告の主張には理由がなく、次項において同主張に基づく争点について検討する。
２ 争点（２）（法２２条２項の適用）について
（１）被告の主位的主張は、本件増資の実行により、原告の保有するアトランティック社株式の資産価値がアスカファンド社に移転したことを前提とするものであるから、まず、本件増資の行われた法形式について検討するに、本件増資は、アトランティック社の定款の定めに従って、株主総会決議である本件決議により決定されたものである。本件決議の当時、アトランティック社の定款４条１項は、株主総会が株式の発行価格と発行条件を定めることを規定しており、したがって、新株の発行については株主総会に決定権限があったものということができ、また、株主は、１株につき１票の議決権を有していて、株主総会決議は、全議決権の絶対過半数で成立するとされていた（同定款１５条）ことから、原告は、アトランティック社の全株式を有する株主として本件決議に賛成し、その結果、本件決議が成立したことが認められる。
しかし、本件決議はアトランティック社の機関である同社の株主総会が内部的な意思決定としてしたものにほかならず、その段階では未だ増資の効果は生じていないのであって、アスカファンド社が本件増資により資産価値を取得したとすれば、それは、法形式においては、アトランティック社の執行機関が本件決議を受けて同社の行為として増資を実行し、アスカファンド社が新株の引受人として払込行為をしたことによるものである。
そうすると、本件増資は、アトランティック社自体による本件増資の実行という行為とそれに応じてアスカファンド社がアトランティック社に対して新株の払込をするという行為により構成されており、本件増資の結果、アスカファンド社の払込金額と本件増資により発行される株式の時価との差額がアスカファンド社に帰属することとなったことを取引的行為としてとらえるとすれば、本件増資をして新株の払込を受けたアトランティック社と有利な条件でアトランティック社から新株の発行を受けたアスカファンド社の間の行為にほかならず、原告はアスカファンド社に対して何らの行為もしていないというほかない。
このことは、被告自ら、本件決議が原告からアスカファンド社への経済的利益の移転の原因行為であるとしつつも、同行為だけでは同利益の移転に至らないことから、同利益の移転時期をアトランティック社からアスカファンド社への割当時若しくは遅くともアスカファンド社からアトランティック社への払込時とする不確定な主張をせざるを得なくなっていることからも裏付けられるのであり、このような事態は、被告が本件決議を上記利益移転の原因行為としてとらえること自体に無理があることを示すものである。
（２）被告は、最高裁昭和４１年判決を引用し、同判決は、含み益部分が株式から切り離されて譲渡されたときに、その部分が相当対価によって実現したものとして益金を構成し、この場合における旧株主から新株主への経済的利益の譲渡は、増資会社に対する指名権の行使という態様によっても可能であることを明らかにしたものであるとした上で、本件において、原告は、アトランティック社に対する指名権の行使と同視することもできる本件決議という態様によって、アスカファンド社への第三者に対する新株の有利発行を行わせたのであるから、旧株主である原告から新株主であるアスカファンド社への新株プレミアム相当の経済的利益の譲渡（無償取引）があったというべきである旨主張する。
しかしながら、最高裁昭和４１年判決の事案は、納税者が株式を有していた３つの会社からそれぞれ増資の決議により新株引受権を与えられ、このうち２社分については新株引受権付きの旧株式を自己の取締役に信託的に譲渡し、他の１社分についてはプレミアムが少ないため払込期間内に払込をしなかったことによりいったん新株引受権を喪失した後、増資会社から当該失権株について縁故割当をしたいから引受人を指定してほしいとの申出があったため、やはり自己の取締役を指名したというものであり、
同判決は、原判決がいずれの場合にも当該納税者には新株の割当に関連する何らかの利益がいったん帰属しそれが納税者の取締役に移転したとみることができると認定したことを前提とし、その利益は、先の２社分については納税者所有の旧株式の値上がり部分そのものであって、
後の１社分については増資会社から与えられた第三者指名権であるが、これは旧株式の増価部分と同視して妨げないと判示しているのである。
すなわち、同判決は、いったん旧株主に新株引受権が付与されることにより旧株式が具体的に増価し、
それが払込期限の徒過により消滅したかにみえたにもかかわらず、
増資会社からの縁故割当のための第三者指名権の付与により復活し、
その復活した増価分を指名権の行使により譲渡したとみているのであり、
当該指名行為を、いまだ新株引受権が有効に付着している状態の旧株式を譲渡したのと同視したに等しいのである。
これに対し、原告については本件決議以前には抽象的な含み益があったのみで
（このような含み益は、最高裁昭和４１年判決の事案のうち、第三者指名権か付与された株式に関する部分においても、少ないとはいえプレミアムが発生する形で新株が発行される会社の株式を有していた以上、増資決議がされる以前の時点において当該納税者も有していたものというべきである。）、
原告所有の株式が具体的に増価したとみることはできないから、
本件決議によって譲渡したとみるに足りる具体的な増価分は存在しないというほかない。
すなわち、最高裁昭和４１判決の事案における第三者指名権の行使と本件決議とは新株を引き受けるべき者を指定している点においては共通しているが、
前者においては、それによって譲渡したものとみるべき具体的利益が存在したのに対し、
後者においては、それが存在していない点に大きな差違が存するのである。
また、双方ともに株式の割当自体は増資会社が行うものであって、旧株主は新たな引受人との間で直接的な行為をしない点においても共通しているが、
前者においては、いったん旧株主に新株引受権が具体的に帰属し、それが付着した旧株式自体を旧株主か譲渡することが可能であったことに着目して、第三者指名権の脊使をそのような譲渡行為と同視することが可能であったのに対し、
後者の場合には、原告とアスカファンド社との間には直接的な行為があったと同視し得る事情は見当たらないのである。
以上によると、最高裁昭和４１年判決は、本件と事案を異にするものであり、その判示は本件には当てはまらないものというべきである。
（３）また、被告の主張は、最高裁昭和４１年判決の事案のようにいったん旧株主に株式の割当に関する経済的利益か帰属し、その上で旧株主と新株主との間の行為により旧株主の有する株式の含み益が具体化した場合に限定せずに、旧株主がその有する株式の含み益を喪失し、それに相当する利益を新株発行を受けた新株主が取得した場合に、これを株主間の無償取引による利益の移転ととらえるに等しいのであって、そうであるとすると、そうした利益の移転は、旧株主と新株発行をした会社が親会社・子会社の関係にあるか否かを問わずに起こり得ることとなってしまう。
この点につき、被告は、親会社が自己の思うままに株主総会決議を行うことによって新株プレミアムを具体化し、これを第三者に移転するか否かを自己の意思のみで決定できる場合であることを、第三者に対する新株の有利発行の場合に親会社から当該第三者に対する経済的利益の無償供与を認める要件としているかのようであるが、
そのような場合にのみ経済的利益の無償供与を認めるべき理論的根拠は見当たらない。
発行済株式の過半数の株式を保有する株主が存在しない会社においても、第三者に対する新株の有利発行の決議が成立した以上は、少なくともその決議に賛成した株主については自らの意思で当該決議をした点において、全株式を保有する株主と何ら異なることはないのである。
このように解すると、第三者に対する新株の有利発行の場合には、少なくとも決議に賛成した株主全部につき、その株式の保有割合を問わず、含み益か顕在化したものとして収益を認定し、これに対する課税をすることにならざるを得ないが、
被告自身もそうした結論を是認するものとは思われず、そのような結論が広きに失するがために上記のような要件をあえて設定したものと解され、
実際にもそうした広汎な課税が行われていることはうかがわれない。
結局のところ、被告の上記主張は、経済的利益の移転を生ずる「無償供与」としての行為の存在が直接的には認められず、同行為を擬制するに足りるだけの根拠がないにもかかわらず、あえて無理な擬制をして結論を導いているものといわざるを得ない。
（４）なお、被告の主位的主張は、同主張たけを捉えると、本件事案において法人格の否認の法理を適用し、原告とアトランティック社とが別個の法人格であることを否認した上で、本件増資によりアスカファンド社が資産価値を取得するにつき、原告と同一法人格であるアトランティック社がアスカファンド社に要求してしかるべき対価を要求しなかったとして、これが無償取引に係る収益に当たる旨を主張するものと解する余地があるようにみえないでもない。
そこで、当裁判所は、このような問題意識の下に別紙（２）（被告の主張）ア（エ）のとおり釈明を求めたところ、当裁判所の意図はその際に用いた文言からして容易に理解できるものと考えられるにもかかわらず、被告は、法人格否認の主張をせず、
一般論として、「新株の有利発行による旧株式の価値の新株式への移転は、増資会社の増資行為によって生じるものであるが、
（中略）法人税法上、その移転は、株主相互における経済的利益の移転と観念される。
そして、この移転を決するのが株主総会なのであるから、株主総会決議をもって経済的利益の移転の原因行為ということができる。
このことは（最高裁昭和）４１年判決からも明らかである。
すなわち、（最高裁昭和）４１年判決の事案においても、利益の移転は、増資会社の新株発行により初めて生じるのであるが、同判決は、指名権行使による経済的利益の移転を認めている。
この指名権行使も、株主総会決議と同様に、法形式上は、増資会社が指名を受けた者に新株を発行することを承諾する行為ということができるからである。」と明示的に主張している。
これは、親会社がその意思のとおりに子会社の株主総会において決議ができる場合でありさえすれば、子会社と親会社に別個の法人格があることを否定すべき場合でなくとも、第三者に対する新株の有利発行による場合に親会社から当該第三者に対する経済的利益の無償供与がされることを一般的に肯定するものにほかならず、
かつ、被告は、本件の事実関係の下で法人格否認の法理の適用を主張して本件の具体的な事実が同法理適用の要件を満たしている旨の指摘もしていないから、
本件事案における原告とアトランティック社との関係について被告が上記のような法人格否認の法理の適用を前提として主張しているものと解することはできない。
（５）以上によれば、実質的にみて原告の保有するアトランティック社株式の資産価値がアスカファンド社に移転したとしても、それが原告の行為によるものとは認められないから、同資産価値の移転が原告の行為によることを前提としてこれに法２２条２項を適用すべきである旨の被告の主位的主張には理由がない。
３ 争点（３）（法１３２条の適用について）について
（１）本件更正処分の理由として法１３２条を適用すべき旨の被告の主張は、原告自らの行為によりその保有するアトランティック社株式の資産価値がアスカファンド社に移転したとの事実を前提として、同資産価値の移転について法１３２条を適用して課税しようとするものである。しかしながら、原告の保有するアトランティック社株式の資産価値がアスカファンド社に移転したことが、原告自らの行為によるものとは認められないことは、上記２に判示のとおりである。従って、被告の同主張については、その余の点について判断するまでもなく理由がないことは明らかである。
（２）また、被告は、同族会社の行為計算の否認に関して、「無償で自己の資産の減少となる本件決議を行い、対価を受領等しなかった原告の行為」が不自然、不合理な行為形態であるとして否認し、「アスカファンド社から少なくとも滅失価値相当額に見合う対価を受領するか、アスカファンド社に増資対価を払い込ませる］のが普通採ったであろう行為計算であると認めて法人税を課したと主張する。
確かに、被告が「普通採ったであろう行為計算」として主張する行為計算のうち、原告がアスカファンド社から直接に滅失価値相当額に見合う対価を受領するとの行為形態を選択していたならば、その対価は原告の益金となり法人税が課税されるのであるから、現に行われた行為形態は、これに比べて原告の法人税を減少させるものと評価することが可能である。
しかしながら、被告主張の「普通採ったであろう行為計算」のうちの他方の行為、
すなわち、原告が株主総会においてアスカファンド社に増資対価相当額を払い込ませる行為計算を選択した場合の課税関係を検討すると、この場合はアトランティック社に発行される新株の実質的価値に見合う価額が払い込まれているのであるから、
原告については形式及び実質の両面において資産の増減がないし、アスカファンド社も支払った対価に見合う価値の新株を取得した以上は従前有していた何らかの資産が新株に形を変えたにすぎず、その資産に増減はないから、両者ともに益金は生じず法人税が課されることはない。
アトランティック社については増資によって資産が増加しているが、これは資本等取引に基づくものであるから益金には当たらず（法２２条２項）、やはり法人税は課されない。
このように原告にはもともと法人税が課されないのであるから、他にいかなる行為計算を採るかにかかわらず、法人税の負担を不当に減少させる余地はない。
また、アトランティック社及びアスカファンド社についてみると、現にされた行為では、アトランティック社についてはその資産の増減が資本等取引に基づくものとして課税されないことに変わりはないものの、アスカファンド社については、被告の主張を前提とすると、本来多額の価値のある新株を極めて低廉な価格で取得したのであるから、その差額は益金となり、仮に同社が内国法人であれば当然に法人税が課されるにもかかわらず、同社が外国法人であるために我が国の課税権が及ばないにすぎない。
すなわち、原告を含めた３社を通じてみると、むしろ、現にされた行為の方が法人税の負担を増加する可能性があったとさえいえるのである。このように現にされた行為は、普通採ったであろう行為計算のうちのひとつと比較した場合において、何ら法人税を減少させるものではないのであるから、
他に想定される普通採ったであろう行為計算との比較いかんにかかわらず、これを容認したとしても法人税の負担を不当に減少させる結果となるとは認め難く、法１３２条適用の前提条件を欠くものである。
４ まとめ
（１）以上によれば、本件更正処分に関する被告の主位的主張及び予備的主張はいずれも理由がなく、その余の点について判断するまでもなく本件更正処分は違法なものといわざるを得ず、したがって、本件賦課決定処分も違法なものである。
（２）なお、上記の結論によると、もともと原告が保有していた株式に関する多額の含み益については、何らの課税もされない結果が生ずることとなるが、
これは、法５１条がその定める特定出資についていわゆる圧縮記帳による課税の繰延べを認め、
しかも平成１０年改正前には外国法人の設立についても同条の適用が認められていたことに端を発するものである。
すなわち、同条の圧縮記帳の方法により保有株式を簿価で現物出資して外国法人を設立した後、当該外国法人か現物出資された株式をやはり簿価によって他の外国法人に譲渡した場合、当該譲渡には我が国の課税権が及ばないことから、
結局、本件と同様、圧縮記帳によって課税が繰り延べられた含み益については、我が国では課税がされないままで終わらざるを得ないのである。
本件における税務上の事態は、アトランティック社がその保有するテレビ朝日等の株式を簿価でアスカファンド社に譲渡した場合にも生ずることであり、その場合には原告に益金が生じたとみる余地は全くないのであるし、また、そのような事態が生ずることは、圧縮記帳の方法により外国法人の設立を許した場合には容易に想定し得るにもかかわらず、法が何らの措置を講じていないことからすると、法自体がやむを得ないものとして放置していたといわざるを得ないのであるから、結局、本件のような事態の起こることは、当時の法人税法上やむを得なかったと考えられるのである。
第４結論
よって、原告の請求は理由があるからこれを認容することとし、仮執行の宣言を付することは相当でないからこれを付さないこととし、訴訟費用の負担につき行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。
なお、原告は本件において相当な分量の準備書面及び書証を提出しているところ、そのうちには、準備書面中の書証として提出済みの文献の引用部分や、書証としての当該文献の写しなどを中心として、原告の主張内容を前提としても果たして引用又は提出することが必要であったか否かに疑問のあるものも少なからず存在し、それらの書記料を被告に負担させることには疑問がないでもない。
しかし、既に判示したように、本件各処分は原告に対して極めて重大なものであったから、原告としては本件訴訟にいわば背水の陣で臨む必要があり、客観的には不必要な主張や書証を提出することもある程度はやむを得ないものと考えられること、他方、被告は、本件の審理の最終段階に至って主位的主張を変更したことに見られるように、十分な検討もせずに処分を行ったと評価されてもやむを得ないのであり、本件訴訟はこのような不十分な検討に基づく苛酷な処分を受けた原告がやむを得ずに提起したものというべきものであることなどにかんがみ、特にこれらの書記料もすべて被告に負担させることとした次第である。
裁判長裁判官 藤山雅行
裁判官 村田斉志 日暮直子
別紙
（１）被告の主位的主張が時機に遅れたものとして却下されるべきか否か
（原告の主張）
被告は、本件訴訟の口頭弁論終結予定日の１７日前に、本件更正処分の法的根拠につき主位的主張を追加して従前の主張を予備的主張とした。これは、故意又は重過失により時機に遅れて提出した主張に該当し、これを許容することにより本件訴訟の完結が遅延することは明白である。また、口頭弁論終結直前になって更正処分の法的根拠を変更することは訴訟上の信義則に反するものであるから、民事訴訟法１５７条１項に基づき被告の主位的主張は却下されるべきである。
（被告の主張）
法２２条２項の適用に関する被告の主位的主張は、法律上の陳述であって、そもそも民事訴訟法１５７条が適用されないと解すべきである。
また、法２２条２項の課税要件事実は、すべて従前の法１３２条に基づく主張の課税要件事実に包含された主張であって、法２２条２項による課税の可能性は当然に予測されるものであり、その主張時機が、法２２条２項による課税はできないという原告の主張（平成１３年５月６日付け第８準備書面）を受けて、同準備書面か陳述された同月１４日の口頭弁論期日の約２か月後の同年７月１３日付けの被告第６準備書面において、原告の上記主張に対する反論として速やかにされたものであることからしても、時機に遅れた攻撃防御方法として却下されるべきものではない。
（２）本件における法２２条２項適用の可否
（被告の主張）
ア（ア）本件増資新株の発行に関する条件は、原告の意思によりいかようにも定めることができたものであり、既存株主である原告は、保有していたアトランティック社株式の価値のうち２５５億７，９２６万６，２８５円を何らの対価を求めることもなく新株主であるアスカファンド社に移転させた。したがって、本件決議は、原告が保有するアトランティック社株式の価値の一部をアスカファンド社に贈与する行為にほかならない。これは、法においては、同価値を時価により実現したものと解すべきであるから、原告から社外流出した限度において、法２２条２項の「無償による資産の譲渡・・・その他の取引・・・に係る・・・収益」（以下「無償取引に係る収益」という。）として課税の対象となるものである。
（イ）このことは、無償取引に係る収益の計上を認めた最高裁昭和４１年６月２４日第２小法廷判決（民集２０巻５号１１４６頁。以下「最高裁昭和４１年判決」という。）に照らしても明らかである。同判決は、株式の含み益部分であっても、増資決議が行われ、それが新株プレミアムとして具体化するとともに、旧株主に割当基準田こ新株引受権を取得し得べき期待権的地位か生じることによって、旧株主において、親株の信託的譲渡や指名権行使によってこの期待権的地位を譲渡し、当該新株プレミアムを譲渡できる状態になったときには、その部分のみを株式から切り離して相当対価で譲渡し得ることを認め、含み益部分が株式から切り離されて譲渡されたときに、その部分が相当対価によって実現したものとして益金を構成し、この場合における旧株主から新株主への経済的利益の譲渡は、増資会社に対する指名権の行使という態様によっても可能であることを明らかにしたものである。
（ウ）一般に、子会社が第三者に対して特に有利な発行価格で新株発行をしたことにより親会社の子会社株式保有割合が減少し、親会社が子会社財産に対して有する持分割合が低下するのに、その低下分に見合うだけの増資払込がされない場合は、親会社所有の子会社株式の価値は下落するが、これは、親会社から当該第三者に対する経済的利益の無償供与に当たることがある。
法２２条５項は、法人の資本等の金額の増加又は減少を生ずる取引及び法人が行う利益の分配等を資本等取引とし、これを課税所得計算から除外しているが（同条２項及び３項３号）、これは、法が、法人を株主の集合体と観念し、法人の資本（期首純資産）を株主が拠出する元手ととらえ、この元手たる資産の利用（資産の利用による負債の処理を含む。）による純資産の増加（利益）のみを法人の所得ととらえる立場を採用していることに基づくものと解される。
すなわち、株主が法人に出資した財産は、私法上は法人の所有に属するが、法においては企業所有者たる株主が株式という形でなお保有するものと考えられているのであり、この元手を法人に利用させたことによる利益分についてのみ法人の段階で法人税が課されている。その結果として、第三者に対する新株の有利発行により子会社財産に対して有する持分割合が新株主に移転する場合は、株主相互における経済的利益の移転と観念され、株主に対する課税の問題となり、この場合、子会社は何ら元手を利用していないことから、子会社に対する課税が問題となる余地はなく、親会社からの経済的利益の供与は当該第三者に対するものと観念されることとなるのである。最高裁昭和４１年判決の事案においても、増資会社と新株主との間ではなく、旧株主と新株主間における新株プレミアム相当の経済的利益の移転が観念され、新株主に対する譲渡が肯定された。
同判決においては、新株引受に関する経済的利益が一旦旧株主に帰属し、それが親株の信託的譲渡や指名権の行使によって新株主に譲渡されたという構成が採用されたが、それは同判決の事案か昭和２５年当時の商法の適用を受けるものであり、旧株主が増資会社の通常の株主であったことによると解される。すなわち、当時の商法では、株主総会の決議によって株主に新株引受権が与えられるか否かが決せられていたため、増資決議によってこれが与えられて初めて、旧株主は、期待権的地位が与えられ、これを特定の者に譲渡することが可能となったのである。
これに対し、アトランティック社の定款の定め及び原告がその発行済み株式を全部保有していたことからすると、原告は、自己の思うままに株主総会決議を行うことによって新株プレミアムを具体化し、これを第三者に移転するか否かを自己の意思のみで決定できるのであり、このような原告の地位は、最高裁昭和４１年判決か親株と別個の経済的利益として認めた期待権的地位に比して、はるかに強固で確実かつ管理可能なものであり、新株を潜在的に保有しているに等しいということさえ可能である。そして、原告は、アトランティック社に対する指名権の行使と同視することもできる本件決議という態様によって、アスカファンド社への第三者に対する新株の有利発行を行わせたのであるから、旧株主である原告から新株主であるアスカファンド社への新株プレミアム相当の経済的利益の譲渡（無償取引）があったというべきである。
したがって、上記利益の移転は、アトランティック社からアスカファンド社への割当時若しくは遅くともアスカファンド社からアトランティック社への払込時において、法２２条２項の無償取引に係る収益として、課税の対象となる。そして、本件増資によって原告からアスカファンド社にアトランティック社株式の資産価値の大半が移転したことは明らかであり、本件増資は、資金調達のために行われる通常の第三者に対する新株の有利発行ではなく、旧株主である原告が、アスカファンド社に企業の大半を移転するものと認められるのであって、本件決議をすることに経済的合理性があることを認めるに足りる事情はないから、上記利益の移転は、法３７条２項に規定する寄附金に該当し、原告の課税所得計算は、前記前提事実（９）アと同一になるから、本件更正処分は適法である。
（エ）この点について、当裁判所は、被告に対し、「被告の主張を前提としても、アスカファンド社に直接的に経済的利益を供与する行為を行ったのはアトランティック社であって、原告はアトランティック社に対してこれを承諾したにすぎないと考えられる。原告の行った本件（承認）決議がアスカファンド社に対する経済的利益の供与に当たる法的根拠は何か。」と求釈明した。
これに対し、被告は、「新株の有利発行による経済的利益の移転が税法上は株主相互の利益移転の問題と観念され、それが株主総会決議によって決定されるからである。新株の有利発行による旧株式の価値の新株式への移転は、増資会社の増資行為によって生じるものであるか、（中略）法人税法上、その移転は、株主相互における経済的利益の移転と観念される。そして、この移転を決するのが株主総会なのであるから、株主総会決議をもって経済的利益の移転の原因行為ということができる。このことは（最高裁昭和）４１年判決からも明らかである。すなわち、（最高裁昭和）４１年判決の事案においても、利益の移転は、増資会社の新株発行により初めて生じるのであるが、同判決は、指名権行使による経済的利益の移転を認めている。この指名権行使も、株主総会決議と同様に、法形式上は、増資会社が指名を受けた者に新株を発行することを承諾する行為ということができるからである。」と釈明した。
（オ）原告は、第三者に対する有利発行が行われた場合、旧株主の失った利益については「一般に公正妥当と認められる会計処理の基準」（法２２条４項）によっては実現したものとはされない旨主張するが、原告の同主張は、法２２条４項の同基準を企業会計と絶対的に同視する前提において誤っている上、仮に両者を同視する立場に立ったとしても、法人税は、資産の増加益に対しては、法人の支配を離脱し他に移転する際にこれを契機として顕在化した資産の経済的価値の担税力に着目して清算課税する趣旨に基づき、無償取引に係る収益を課税の対象ととらえており、そのことを明らかにするために法２２条２項に無償取引に係る収益が益金を構成する旨の明文規定か置かれているのであるから、課税の対象とならないとはいえず、無償取引に係る収益は、企業会計上は収益として計上されないが、法２２条２項により法においては収益として計上されるのである。
また、原告は、法２５条の資産の評価益の益金不算入の規定を問題視しているが、本件における利益の計上は同条の評価益の計上ではない。本件における無償取引に係る収益の本質は資産の増加益ではあるか、その評価は、法人の支配を離脱し、他に移転する資産の実現価値の評価だからである。そもそも、資産の時価相当額と取得価額との差額は、およそすべての無償による資産の譲渡の場合に収益に算入されることが当然に予定されるのであり、法が、一方の２２条２項において資産の無償譲渡による収益を課税の対象としつつ、他方の２５条においてその収益算入を否定したと解することは背理である。したがって、原告の法２２条２項に関する主張は失当てある。
イ 原告は、本件増資新株はＡ株ではなく払込金額の価値しかないＢ株であったが、事務手続上のミスで定款変更がされていなかったにすぎないと主張して、本件増資によって原告からアスカファンド社にアトランティック社株式の資産価値か移転したことを否定する。しかし、本件決議当時のアトランティック社の定款（乙１５）には、同社が発行する株式の中に異なる種類のものがあるとの記載は全くなく、定款上、Ａ株とかＢ株とかの区分は全くされていなかったのであり、Ｂ株発行に関して原告の主張する事実関係も客観的な裏付けを欠いていて到底信用できるものではない上、発行株式に係る定款変更の効力が遡及することは考えられないから、本件増資新株はＡ株である。
（原告の主張）
ア 本件更正処分において法２２条２項を適用して原告に課税をすることは、平等原則を定めた憲法１４条に反して違憲である。
平成１０年改正前の法は、その５１条等に基づき、多額の含み益を有する有価証券を現物出資して海外子会社を設立し、当該有価証券の圧縮記帳を行った上で、当該現物出資者である親会社が当該海外子会社株式を譲渡するという方法以外の方法により、すなわち、当該海外子会社に他の法人の資本参加を得たり、当該有価証券を当該海外子会社が売却したり、当該海外子会社が他の法人と合併したりする等の方法により、当該有価証券の有する含み益に対する我が国の課税当局による課税を適法に回避できた。これを本件増資に当てはめると、本件増資が平成１０年改正前に行われていたとすれば、アトランティック社がアスカファンド社の資本参加を得るという方法で原告が現物出資した資産の資産価値を社外流出させたとしても、これに対して我が国の課税権は及ばなかったのである。
したかって、本件増資を法２２条２項の課税要件該当事実と捉えて原告に対して課税するとすれば、平成１０年改正以前に全く同様の行為を行った他の同族会社については課税しないのに、原告に対してのみ課税することになり、課税処分の執行の平等原則（憲法１４条）に反し、処分違憲となるのである。
イ 本件更正処分の更正理由書には理由不備があり、法１３０条２項に反して違法である。
青色申告に対する更正処分の理由附記制度の趣旨は、（１）税務署長の判断の慎重・合理性を担保してその恣意を抑制するという処分適正化機能と（２）処分の理由を被処分者に知らせて不服申立ての便宜を与えるという争点明確化機能にあるから、更正理由書においては、更正理由について、原告の帳簿書類の記載よりさらに信憑力のある資料を摘示した上で処分の具体的理由を明らかにすることを要するというべきである。
しかるに、本件更正処分の更正理由書は、その記載された全文言に照らしてみて、単に、アトランティック社からアスカファンド社への本件増資により旧株の滅失価値相当額（２５５億７，９２６万６，２８５円）が社外へ流出したという事実を記載するのみであって、それ以外には当該社外流出の根拠につき何らの記載がなく、なぜに社外流出したのかにつき、原告の会計帳簿の記載を打ち破るに足りるだけの信憑力をもった資料を摘示して原告の会計帳簿の記載を否定する具体的説明を何ら記載していない。
したがって、本件更正処分の更正理由書の上記記載は、本件増資により原告保有に係るアトランティック社株２００株の含み益が社外流出したと認定した具体的根拠及び原告の会計帳簿の記載以上に信憑力のある資料の摘示が欠如しており、法１３０条２項に反する理由不備がある。
ウ 被告の主位的主張は、本件更正処分に附記された理由と異なる理由の主張に該当し、原告に「格別の不利益」を与えるから、法１３０条２項に違反し、認められない。
被告は、本件更正処分の法的根拠を、法１３２条から法２２条２項に変更したが、これは、更正期間経過後には何らの更正処分を受けないという納税者（原告）の利益を全く害することになる（最高裁昭和４７年１２月５日判決民集２６巻１０号１７９５頁）。よって、上記理由の差替えは、最高裁昭和５６年７月１４日判決（民集３５巻５号９０１頁）が理由の差替えが許されない場合として挙げた「格別の不利益」のある場合に当たる。
したがって、被告の上記主張変更は、上記各最高裁判決に照らし、法１３０条２項が規定する理由附記制度の趣旨に反する主張変更であり、同条項に反する違法がある。
エ 本件増資新株はＢ株であって、Ｂ株の価値はその額面価額である。
本件増資は、定款上、Ｂ株ではなくＡ株の発行となっていたが、原告、アトランティック社及びアスカファンド社という本件増資当事者全員がＢ株の発行を意図していたものであって、本件増資新株が本件増資当初よりＢ株であったと解しても、原告の債権者を含む本件増資の利害関係者の利益を何ら害しないし、かえってその利益に適うものであったから、本件増資新株は、本件増資当初よりＢ株であったものと解すべきである。この点について、被告の主張する表示主義を採用すべき理由は全くない。
したがって、本件増資によって旧株式の含み益が原告からアスカファンド社に移転した事実はない。よって、本件更正処分の前提事実には根本的な事実誤認の違法がある。
また、仮に、形式的には本件増資新株がＢ株ではなくＡ株であったとしても、本件定款変更の結果、事後的に、本件増資当事者全員によりＢ株であった旨が確認されている。本件増資を行ったのはオランダ法人であるアトランティック社である以上、本件増資新株がＢ株であったか否かについてはオランダ法が適用されるのであり、オランダ税務当局は、少なくともオランダ税法上、本件定款変更の効力が本件増資時に遡及することを承認したのであって、したがって、オランダ税務当局は、本件増資新株が本件増資当初よりＢ株であったことを実質的に承認したのである。
さらに、アスカファンド社は、本件増資新株がＡ株であることによる経済的利益を何ら享受しておらず、本件増資新株がＡ株であるという経済的効果は実質的に何ら発生していなかったのであり、本件定款変更により本件増資新株かＡ株であるという経済的効果は法律上の何ら生じないことが確定したのであるから、実質課税の原則により、本件増資新株かＢ株であったものとみなして課税すべきは当然である。しかるに、本件更正処分は、本件増資新株かＡ株であることを前提としており、重大な事実誤認があるだけでなく、実質課税の原則に反し違法である。
オ 本件更正処分は、法２２条２項に照らしても違法である。
法２２条４項は、法人税の簡素化を目的として創設された規定であるから、同項が規定する会計処理の基準は、広く一般社会において確立された会計処理基準でなければならず、これは商法３２条２項にいう「公正ナル会計慣行」とほぼ重なるのであって、一般社会において確立された会計慣行が公正妥当と認められない場合には、税法上に「別段の定め」を設けて初めて当該会計慣行を排除して税法独自の所得金額の計算原理を適用できるのである。
広く一般社会において確立された会計慣行上、第三者に対する新株の有利発行により旧株式の含み益か減少しても、旧株主において減少した当該含み益が実現されたものとして、旧株式の帳簿価格を評価替えして評価益を計上することはない。すなわち、「一般に公正妥当と認められる会計処理の基準」によっても、第三者に対する新株の有利発行の際、旧株式の含み益が減少したとしても、旧株主において当該含み益が実現されたものとはされていない。
そして、法において、第三者に対する新株の有利発行により、旧株主の株式の含み益が減少しても、旧株主において、減少した当該含み益が実現したものとみなして「益金」に算入させる旨の「別段の定め」は存在しない。
したがって、仮に、本件増資がアスカファンド社への第三者に対する新株の有利発行に該当するとしても、本件増資により、旧株主である原告が保有するアトランティック社株式２００株について、減少相当額の含み益が実現したとして当該含み益を益金に算入することはできない。
逆に、法２５条は、資産の評価益を益金に算入しない旨規定しており、これにより、法人税の課税標準たる所得金額の計算上、旧株主である原告において、本件増資により減少した旧株式の含み益相当額の評価益を益金に算入することはできない。
カ 本件更正処分は、更正権の濫用による違法な更正処分である。
アトランティック社は、本件増資に際し、同時に定款を変更してＢ株を創設する必要があったのに、単純な事務方の事務連絡・事務手続上の過誤により定款を変更していなかったところ、被告は、同過誤が単純な事務方の事務連絡・事務手続上のものであることが明らかであったにもかかわらず、あえてこれを無視して１３０億円もの巨額の課税処分である本件更正処分をし、原告に多大な損害を与えたものであるから、これは更正権の濫用に当たる。
（３）本件における法１３２条１項１号適用の可否
（被告の主張）
ア 仮に、本件においてアスカファンド社が得た利益が法２２条２項の無償取引に係る収益に計上できないとしても、法１３２条の適用により本件更正処分は適法である。
法１３２条は、同族会社においては、会社の意思決定が少数の株主等の意思により左右され、不当に租税を回避するような行為又は計算が容易にされ得ることに配慮し、これを是正し、租税負担の公平を図ろうとするものであり、そのような行為又は計算が行われた場合に、それを通常あるべき行為又は計算に引き直し、納付すべき税額を計算しようとするものである。
同族会社の不自然・不合理な行為・計算によって、法２２条２項により益金に算入できない利益移転がされている場合は、まさに法１３２条に定める法人税の負担を不当に減少させる行為にほかならない。
本件において、原告は、上記（２）（被告の主張）ア（ウ）のとおり、本件決議によって、アスカファンド社への第三者に対する新株の有利発行を行わせ、旧株主である原告から新株主であるアスカファンド社への新株プレミアム相当の経済的利益の譲渡をしたものであり、原告が合理的に行動したとすれば、アスカファンド社から少なくとも滅失価値相当額に見合う対価を受領するか、アスカファンド社からアトランティック社に対し増資対価を払い込ませるかしたはずであるのに、無償で自己の資産の減少となる本件決議を行い、対価を受領等しなかった原告の行為は、営利を目的とする法人の行為としては極めて不自然・不合理な行為である。そして、原告は、本件決議を行うことにより、上記経済的利益を未計上のまま何らの対価を得ることもなくアスカファンド社に移転させたことは、原告の同利益にかかる法人税を不当に減少させたものとして、法１３２条の「行為」に該当する。
イ 法１３２条が憲法１４条１項に違反しないことは我が国の確立した判例・通説であり、原告の適用違憲の主張も、法１３２条の解釈適用に関するものにすぎない。また、法１３２条の税負担を「不当に減少させる」との不確定概念が課税要件明確主義に反するものではないことも最高裁判例において示されている（最高裁昭和５３年４月２１日第二小法廷判決・訟務月報２４巻８号１６９４頁）。
（原告の主張）
ア 本件更正処分の根拠となった法１３２条は、同族会社と非同族会社との間で、同族会社は非同族会社では容易になし得ないような行為・計算をする蓋然性が高いとする相対的な蓋然性のみを根拠として、租税負担の非合理的な不公平を来たすものであり、そもそも立法事実を欠くものであるから、平等原則を定めた憲法１４条に反する。
また、法１３２条は、課税要件の明確性を欠き、課税要件明確主義をその内容のーつとする租税法律主義を定めた憲法８４条、３０条に反し、違憲（法令違憲）である。
イ 本件に法１３２条を適用して課税した本件更正処分は、平等原則を定めた憲法１４条、課税要件明確主義をその内容のーつとする租税法律主義を定めた憲法８４条、３０条に反し、違憲（適用違憲）である。
すなわち、同族会社と非同族会社とで、全く同一の行為・計算を行っていながら、非同族会社の場合には「行き過ぎた節税策」とはしながらこれを容認する一方で、同族会社が行った場合には租税回避行為であるとして法１３２条を適用して課税をするというのでは、同族会社と非同族会社との間の租税負担の公平を図った同条の立法趣旨に反するだけでなく、平等原則を定めた憲法１４条１項に反することは明らかであり、同族会社である原告に対してのみ法１３２条を適用して課税する本件更正処分は違憲である。
また、被告は、法１３２条の否認権行使の謙抑性に反して本件に同条を適用し、また、本件における同条の適用に当たって、その比較概念たる「不当性」を定義するために必須の標本行為を示しておらず、本件への法１３２条の適用は、憲法８４条、３０条に反する。
ウ 本件更正処分は、法１３２条の「法人税の負担を不当に減少させる結果となる］との適用要件を欠き、違法である。
エ 上記（２）（原告の主張）工のとおり、本件増資新株はＢ株であって、Ｂ株の価値はその額面価額であり、また、形式的にはそうでないとしても、本件増資新株は実質的にＢ株であったから、本件更正処分は実質課税の原則に反し違法である。
（４）資産評価
（被告の主張）
ア 被告は、アトランティック社株式の評価は、本件増資の払込か行われた平成７年２月１５日に最も近いアトランティック社の平成５年１０月１日から平成６年９月３０日までの事業年度の決算書を基に、純資産価額方式により算定した。
法における取扱いとして、非上場株式のうち、いわゆる気配相場のないものについて、法３３条２項を適用する場合の当該株式の価額は、売買実例のあるもの、公開途上にあるもの等を除き、１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取り引きされる価額によるものとして取り扱われており、本件における上記算定は、有価証券の評価に関する法上の取扱いの指針である法人税基本通達９－１－１５に従って適正に評価を行った結果であり、かつ合理的な方法によるものであった。
イ また、被告は、アトランティック社が保有するテレビ朝日株式の１株当たり株式価額を５２９万９，０００円と算定したか、これは時価純資産方式による評価方法に基づき算定したもので、テレビ朝日株式に係る別の取引価格に比して相当であることは明白である。
（原告の主張）
ア 本件決議によりアスカファンド社が引き受けたアトランティック社株式３０００株の時価は、被告が主張する時価算定方式ではなく、法人税法基本通達９一１－１５により相続税財産評価基本通達に従って算定すべきである。
イ 仮に、法人税法基本通達９－１－１４（４）により算定する場合でも、アトランティック社が直接・間接に保有するテレビ朝日株式、文化放送株式、株式会社フジテレビジョン（以下「フジテレビ」という。）株式は、配当還元価額方式によって算定すべきである。
ウ 仮に、アトランティック社が直接・間接に保有するテレビ朝日株式、文化放送株式、フジテレビ株式を時価純資産方式により算定するとしても、清算所得に対する法人税等相当額（５１パーセント）の控除及びそれら３社株式に付着した譲渡制限による減価をすべきである。
（５）本件賦課決定処分の適法性（国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」の有無）