所得税更正処分等取消請求事件、 最高裁判所第３小法廷判決／平成１４年（行ヒ）第１１２号、判決 平成１７年１１月８日、 訟務月報５２巻１１号３５０３頁について検討します。
【判示事項】
昭和６２年の非上場株式の取引に係る個人の所得金額の計算に当たり同株式を１株当たりの純資産価額を基に評価する場合に資産の時価と帳簿価額との評価差額に対する法人税額等相当額を控除して純資産価額を計算すべきであるとされた事例
主 文
原判決を破棄する。
本件を東京高等裁判所に差し戻す。
理 由
上告代理人系光家ほかの上告受理申立て理由第４，第５について
１ 原審の確定した事実関係等の概要は，次のとおりである。
（１）昭和６２年当時，上告人Ｘ１（以下「上告人Ｘ１」という。）は，上告人株式会社Ｘ３（当時の商号はＡ株式会社。以下「上告会社」という。）及びその関連会社の株式会社Ｂ（当時の商号は株式会社Ｃ。以下「Ｃ社」という。）の代表者であり，上告人Ｘ１の長男である上告人Ｘ２（以下「上告人Ｘ２」という。）は，上告会社の役員であり，その関連会社の株式会社Ｄ（以下「Ｄ社」という。）の代表者であった。上告会社及びＣ社は，順調に営業活動を行っていた。
（２）昭和６２年２月当時，上告会社の発行済株式数は１００万株であり，株主の保有株式数の内訳は，上告人Ｘ１が８万０２００株，上告人Ｘ２が４０００株，Ｄ社が８０万株，Ｅ株式会社が９万３０００株，その余の株主が２万２８００株であった。
（３）上告会社は，３００万株の新株を発行することとし，昭和６２年２月９日に開催された取締役会において，発行価額を１株当たり５００円として，上告人Ｘ１に２００万株，上告人Ｘ２に８４万株，Ｄ社に１６万株の新株を割り当てる旨の決議をした。同決議に基づき割当てを受けた者は，同年３月１１日，新株に係る払込みをし，これを引き受けた。
（４）上告人Ｘ２は，昭和６２年３月２６日，Ｅ株式会社に対し，上記（３）のとおり引き受けた新株８４万株のうち１８万７０００株を１株当たり５００円で譲渡した。
（５）上告会社は，上告人Ｘ１に対し，その保有するＣ社株式について１株当たり１２００円で，昭和６２年３月３０日に９０万株を，同月３１日に２３万株を，それぞれ譲渡した。
（６）上告人Ｘ１は，昭和６２年５月１２日，Ｄ社に対し，前記（３）のとおり引き受けた新株２００万株を１株当たり５００円で譲渡した。
（７）被上告人武蔵府中税務署長は，平成３年３月１２日，上告人Ｘ１に対し，昭和６２年分の所得税について，
① 前記（３）のとおり引き受けた新株の時価と発行価額との差額が上告人Ｘ１の一時所得に当たること，
② 前記（５）のとおり譲り受けたＣ社株式の時価と譲受け価額との差額が上告会社からの賞与として上告人Ｘ１の給与所得に当たること，
③ 前記（６）の株式譲渡により上告人Ｘ１に譲渡所得が生じたこと，以上を理由として増額更正（以下「本件更正１」という。）をした。
（８）被上告人武蔵府中税務署長は，平成３年３月１２日，上告人Ｘ２に対し，昭和６２年分の所得税について，前記（３）のとおり引き受けた新株の時価と発行価額との差額が上告人Ｘ２の一時所得に当たることを理由として増額更正（以下，同更正のうち審査裁決により一部取り消された後のものを「本件更正２」という。）をした。なお，同裁決は，前記（４）の株式譲渡により上告人Ｘ２に譲渡所得が生じたと認定した。
（９）被上告人新宿税務署長は，平成３年３月１８日，前記（７）②のとおり上告会社が上告人Ｘ１に対し賞与を支給したと解されるとして，上告会社に対し，昭和６２年３月分の源泉徴収による所得税の納税の告知（以下，同告知のうち審査裁決により一部取り消された後のものを「本件告知」という。）をした。
（１０）所得税法施行令（平成１０年政令第１０４号による改正前のもの。以下同じ。）８４条１項は，発行法人から有利な発行価額による新株を取得する権利を与えられた場合における当該権利に係る所得税法３６条２項の収入金額とすべき価額は，当該権利に基づく払込みに係る期日における新株の価額から当該新株の発行価額を控除した金額によると規定している。
そして，国税庁長官の発出した昭和４５年７月１日付け直審（所）３０（例規）「所得税基本通達」（平成１０年課法８―２，課所４―５による改正前のもの）２３～３５共―９（４）は，
当該新株若しくはこれに係る旧株が証券取引所に上場され，又はそれらの株式に気配相場がある場合以外の場合における所得税法施行令８４条１項に規定する「払込みに係る期日における新株の価額」について，売買実例のあるものにあっては，最近において売買の行われたもののうち適正と認められる価額とし（同（４）イ），売買実例のないものでその株式を発行する法人と事業の種類，規模，収益の状況等が類似する他の法人の株式の価額があるものにあっては，当該価額に比準して推定した価額とし（同（４）ロ。以下，同（４）ロの定める評価の方式を「類似法人比準方式」という。），それらに該当しないものにあっては，当該払込みに係る期日又は同日に最も近い日におけるその株式を発行する法人の１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額とする（同（４）ハ）と定めている。
上告会社及びＣ社の各株式は，非上場株式で気配相場もなかった。
（１１）国税庁長官の発出した昭和４４年５月１日付け直審（法）２５「法人税基本通達」（平成１２年課法２―７による改正前のもの）６―１―４（３）は，
有利な発行価額で新株が発行された場合におけるその１株当たりの価額について，新株又は旧株が証券取引所に上場されている場合以外の場合には，その新株の払込期日において当該新株につき同通達９―１―１１から９―１―１５までに準じて合理的に計算される価額によることとしている。
そして，法人税基本通達（平成２年直法２―６による改正前のもの）９―１―１４（３）は，「売買実例のあるもの」及び「売買実例のないものでその株式を発行する法人と事業の種類，規模，収益の状況等が類似する他の法人の株式の価額があるもの」に該当しない非上場株式で気配相場のないものの価額は，「当該事業年度終了の日又は同日に最も近い日におけるその株式の発行法人の事業年度終了の時における１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額」によることとしている。
さらに，同通達９―１―１５は，法人が非上場株式で気配相場のないもの（売買実例のあるものを除く。）について法人税法（平成１７年法律第２１号による改正前のもの）３３条２項の規定を適用する場合において，事業年度終了の時における当該株式の価額につき，国税庁長官の発出した昭和３９年４月２５日付け直資５６，直審（資）１７「相続税財産評価に関する基本通達」（なお，平成３年課評２―４，課資１―６により，題名が「財産評価基本通達」に改められた。以下「評価通達」という。）の１７８から１８９までの例によって算定した価額によっているときは，課税上弊害がない限り，所定の条件を付してこれを認めるものとし，この条件の一つとして，評価通達（平成２年直評１２，直資２―２０３による改正前のもの）１８５に定める１株当たりの純資産価額の計算に当たり，当該株式の発行会社が有する土地を相続税路線価ではなく時価により評価するものとしている。
（１２）上告会社及びＣ社は，評価通達（平成２年直評１２，直資２―２０３による改正前のもの）１７８に定める大会社に該当するところ，評価通達（平成６年課評２―８，課資２―１１３による改正前のもの）１７９（１）は，取引相場のない大会社の株式の価額は，類似業種比準価額によって評価し，納税義務者の選択により，１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）によって評価することができる旨を定めている。
そして，評価通達（平成２年直評１２，直資２―２０３による改正前のもの）１８５は，上記の１株当たりの純資産価額を，課税時期における各資産を同通達に定めるところにより評価した価額の合計額から課税時期における各負債の金額の合計額及び同通達１８６―２により計算した評価差額に対する法人税額等に相当する金額（以下「法人税額等相当額」という。）を控除した金額を課税時期における発行済株式数で除して計算した金額とすると定めている。
（１３）上記の法人税額等相当額は，昭和５９年４月１日から同６２年３月３１日までは，次のアの金額からイの金額を控除した残額に５７％を乗じて計算した金額とされ（評価通達（昭和６２年直評１１，直資２―１０３による改正前のもの）１８６―２），同年４月１日から平成元年３月３１日までは，同残額に５６％を乗じて計算した金額とされている（評価通達（平成元年直評７，直資２―２０６による改正前のもの）１８６―２）。
ア 課税時期における各資産を評価通達に定めるところにより評価した価額の合計額から課税時期における各負債の金額の合計額を控除した金額
イ 各資産の帳簿価額の合計額から課税時期における各負債の金額の合計額を控除した金額
２ 本件は，① 上告人Ｘ１が，主位的に本件更正１のうち申告額を超える部分の取消しを，予備的に同部分のほかに申告額を下回る一定部分の取消しを，② 上告人Ｘ２が本件更正２の一部の取消しを，③ 上告会社が本件告知の取消しを，それぞれ求める事案である。
３ 原審は，次のとおり判断して，本件更正１，本件更正２及び本件告知を適法であるとした。
（１）通達は，国民に対して拘束力を有する法規とは異なるものであるが，租税実務における通達に基づく画一的な取扱いは，納税者間の公平，納税者の便宜及び徴税費用の節減という見地からみて合理的なものというべきである。したがって，通達の定めが租税法規に照らして合理性を有する限り，当該租税法規の適用に当たっては，通達の定めに従った解釈，運用を行うのが相当である。
（２）上告会社及びＣ社の各株式については，所得税基本通達（平成１０年課法８―２，課所４―５による改正前のもの）２３～３５共―９（４）イの適正と認められる売買実例価額はなく，また，同（４）ロの定める類似法人比準方式により評価することが合理的であるとはいえない。
（３）評価通達の定める取引相場のない株式の評価方法は一般的に合理性を有するから，所得税基本通達（平成１０年課法８―２，課所４―５による改正前のもの）２３～３５共―９（４）のイ及びロに該当しない場合には，法人税基本通達（平成２年直法２―６による改正前のもの）９―１―１５に準じ，評価通達１７８から１８９までの例によって評価を行うことができると解される。
したがって，上告会社及びＣ社の各株式の評価については，評価通達の定めに従い，類似業種比準価額による評価と１株当たりの純資産価額による評価との選択が認められるべきであり，これらの評価方法により算定される価額の低い方をもって評価すべきであるところ，１株当たりの類似業種比準価額は，昭和６２年３月時点の上告会社の株式については４８２３円であり，同年５月時点の同株式については７５８０円であり，同年３月時点のＣ社の株式については５９８４円である。
（４）ところで，評価通達が，純資産価額の算定に当たり法人税額等相当額を控除する背景には，相続による事業の円滑な承継に配意し，非上場株式についてできるだけ緩く評価することができる方法を採る必要があるとの政策的な配慮があり，このような配慮の要求されない所得税や法人税については，他に合理的な理由がない限り，評価通達（平成２年直評１２，直資２―２０３による改正前のもの）１８５によって処理すべきことにはならず，結局，通常の取引において法人税額等相当額を控除することを考慮要素として考えることが，取引当事者の合理的な意思に合致するかどうかに帰着する。通常，営業活動を順調に行って存続している会社の株式について，譲渡人は譲渡利益の獲得等を目的とし，譲受人は株式を保有して事業拡大や含み益の増加による株価の上昇を期待して，取引価額を交渉するものとみられるから，このような当事者にとっては，会社の清算を前提とした法人税額等相当額を控除した純資産価額で株式を売買する取引は通常考えられず，これを控除することは不合理である。そうすると，順調に営業活動を行っていた上告会社及びＣ社の１株当たりの純資産価額の算定に当たって，法人税額等相当額を控除しないことをもって違法ということはできない。
このようにして算定した１株当たりの純資産価額は，昭和６２年３月時点及び同年５月時点の上告会社の株式についてはいずれも９３０９円であり，同年３月時点のＣ社の株式については４７７８円である。
（５）したがって，１株当たりの価額については，昭和６２年３月時点の上告会社の株式は４８２３円と，同年５月時点の同株式は７５８０円と，同年３月時点のＣ社の株式は４７７８円と，それぞれ評価するのが相当である。
これに基づいて，上告人Ｘ１の一時所得（同月に引き受けた上告会社の新株の時価と引受価額との差額に係るもの），給与所得（同月に上告会社から譲り受けたＣ社株式の時価と譲受け価額との差額に係る賞与）及び譲渡所得（同年５月にした上告会社株式の譲渡に係るもの）を算定して納付すべき同年分の所得税額を計算すると，本件更正１における税額を上回り，上告人Ｘ２の一時所得（同年３月に引き受けた上告会社の新株の時価と引受価額との差額に係るもの）及び譲渡所得（同月にした上告会社株式の譲渡に係るもの）を算定して納付すべき同年分の所得税額を計算すると，本件更正２における税額と同じであり，上記の上告人Ｘ１に対する賞与相当額に基づき上告会社の納付すべき同月分の源泉徴収による所得税額を計算すると，本件告知における税額と同じである。
４ しかしながら，原審の上記３（４），（５）の判断は是認することができない。その理由は，次のとおりである。
所得税法施行令８４条１項は，発行法人から有利な発行価額による新株を取得する権利を与えられた場合における当該権利に係る所得税法３６条２項の収入金額とすべき価額は，当該権利に基づく払込みに係る期日における新株の価額から当該新株の発行価額を控除した金額によると規定している。そして，所得税基本通達（平成１０年課法８―２，課所４―５による改正前のもの）２３～３５共―９（４）は，上記期日における新株の価額について，当該新株が非上場株式で気配相場や売買実例がなく，類似法人比準方式により評価することができない場合には，上記期日又はこれに最も近い日における発行法人の１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額とする旨を定めている。同通達の定めは，株式の低額譲受けに係る給与所得の金額及び株式の譲渡に係る譲渡所得の金額を計算するために株式の価額を評価する場合において，当該株式が非上場株式で気配相場や売買実例がなく，類似法人比準方式により評価することができないときにも妥当するものと解されるが，このような一般的，抽象的な評価方法の定めのみに基づいて株式の価額を算定することは困難である。
他方，評価通達の定める非上場株式の評価方法は，相続又は贈与における財産評価手法として一般的に合理性を有し，課税実務上も定着しているものであるから，これと著しく異なる評価方法を所得税及び法人税の課税において導入すると，混乱を招くこととなる。
このような観点から，法人税基本通達（平成２年直法２―６による改正前のもの）９―１―１５は，評価通達の定める非上場株式の評価方法を，原則として法人税課税においても是認することを明らかにするとともに，この評価方法を無条件で法人税課税において採用することには弊害があることから，
１株当たりの純資産価額の計算に当たって株式の発行会社の有する土地を相続税路線価ではなく時価で評価するなどの条件を付して採用することとしている。
このことは，所得税課税においても同様に妥当するというべきである。
したがって，評価通達（平成２年直評１２，直資２―２０３による改正前のもの）１８５が定める１株当たりの純資産価額の算定方式を所得税課税においてそのまま採用すると，相続税や贈与税との性質の違いにより課税上の弊害が生ずる場合には，これを解消するために修正を加えるべきであるが，このような修正をした上で同通達所定の１株当たりの純資産価額の算定方式にのっとって算定された価額は，一般に通常の取引における当事者の合理的意思に合致するものとして，所得税基本通達（平成１０年課法８―２，課所４―５による改正前のもの）２３～３５共―９（４）にいう「１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額」に当たるというべきである。
ところで，評価通達（平成２年直評１２，直資２―２０３による改正前のもの）１８５が，１株当たりの純資産価額の算定に当たり法人税額等相当額を控除するものとしているのは，個人が財産を直接所有し，支配している場合と，個人が当該財産を会社を通じて間接的に所有し，支配している場合との評価の均衡を図るためであり，評価の対象となる会社が現実に解散されることを前提としていることによるものではない。
したがって，営業活動を順調に行って存続している会社の株式の相続及び贈与に係る相続税及び贈与税の課税においても，法人税額等相当額を控除して当該会社の１株当たりの純資産価額を算定することは，一般的に合理性があるものとして，課税実務の取扱いとして定着していたものである。
所得税基本通達については平成１２年課資３―８，課所４―２９による改正により，法人税基本通達については平成１２年課法２―７による改正により，所得税及び法人税の課税における１株当たりの純資産価額の評価に当たり法人税額等相当額を控除しないことが規定されるに至ったのであって，それらの改正前の昭和６２年当時に，評価通達（平成２年直評１２，直資２―２０３による改正前のもの）１８５が定める１株当たりの純資産価額の算定方式のうち法人税額等相当額を控除する部分が，所得税課税における評価に当てはまらないということを関係通達から読み取ることは，一般の納税義務者にとっては不可能である。
取引相場のない株式の取引は，法人税額等相当額を控除した純資産価額を上回る価額でされることもあり得るが，一般にその取引の当事者は上記関係通達の定める評価方法に関心を有するものであり，その評価方法が取引の実情に影響を与え得るものであったことは否定し難く，これとかけ離れたところに取引通念があったということはできない。
したがって，営業活動を順調に行っている会社の株式であっても，法人税額等相当額を控除して算定された１株当たりの純資産価額は，昭和６２年当時において，一般には通常の取引における当事者の合理的意思に合致するものとして，所得税基本通達（平成１０年課法８―２，課所４―５による改正前のもの）２３～３５共―９（４）にいう「１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額」に当たるというべきである。このように解釈される上記「１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額」によって株式の価額を評価して所得の金額を計算することは，所得税法及び所得税法施行令の解釈として合理性を有するということができる。
そうであるとすると，昭和６２年３月又は５月における上告会社及びＣ社の１株当たりの純資産価額の評価において，両社が順調に営業を行っていることのみを根拠として，法人税額等相当額を控除することが不合理であって通常の取引における当事者の合理的意思に合致しないものであるということはできず，他に上記控除が上記の評価において著しく不合理な結果を生じさせるなど課税上の弊害をもたらす事情がうかがわれない本件においては，これを控除して１株当たりの純資産価額を評価すべきである。
５ 以上と異なる原審の判断には，判決に影響を及ぼすことが明らかな法令の違反がある。論旨はこの趣旨をいうものとして理由があり，原判決はすべて破棄を免れない。そして，上告会社及びＣ社の株式について，１株当たりの純資産価額（法人税額等相当額を控除したもの）と類似業種比準価額の低い方をもって評価し，これに基づいて上告人らの納付すべき税額を算定させるため，本件を原審に差し戻すこととする。
よって，裁判官全員一致の意見で，主文のとおり判決する。
（裁判長裁判官・上田豊三，裁判官・濱田邦夫，裁判官・藤田宙靖，裁判官・堀籠幸男）