出産のために欠勤した場合に給付される出産手当金は、欠勤による給与等の減額を補てんするために給付されるものですので、医療費を補てんするための保険金等には当たらないと考えますがどうでしょうか。
出産手当金は、医療費を補てんするための保険金等には当たりません。
医療費控除額を計算する場合、医療費の補てんに充てられる保険金や損害賠償金があるときは、その金額を支払った医療費の金額から差し引くこととされていますが(所得税法第73条第1項)、次のようなものは、この医療費を補てんする保険金等には当たりません(所得税基本通達73-9)。
(1) 死亡したこと、重度障害の状態となったこと、療養のため労務に服することができなくなったことなどに
基因して支払を受ける保険金、損害賠償金等
(2) 社会保険又は共済に関する法律の規定により支給を受ける給付金のうち、健康保険法の規定により支給を
受ける傷病手当金又は出産手当金その他これらに類するもの
(3) 使用者その他の者から支払を受ける見舞金等(法令の規定に基づかない任意の互助組織から医療費の補て
んを目的として支払を受ける給付金を除きます。)
第73条 医療費控除
居住者が、各年において、自己又は自己と生計を一にする配偶者その他の親族に係る医療費を支払つた場合において、その年中に支払つた当該医療費の金額（保険金、損害賠償金その他これらに類するものにより補てんされる部分の金額を除く。）の合計額がその居住者のその年分の総所得金額、退職所得金額及び山林所得金額の合計額の100分の5に相当する金額（当該金額が10万円を超える場合には、10万円）を超えるときは、その超える部分の金額（当該金額が200万円を超える場合には、200万円）を、その居住者のその年分の総所得金額、退職所得金額又は山林所得金額から控除する。
2 前項に規定する医療費とは、医師又は歯科医師による診療又は治療、治療又は療養に必要な医薬品の購入その他医療又はこれに関連する人的役務の提供の対価のうち通常必要であると認められるものとして政令で定めるものをいう。
3 第1項の規定による控除は、医療費控除という。
所得税基本通達73-8
法第73条第1項かっこ内に規定する「保険金、損害賠償金その他これらに類するもの」（以下73-10までにおいて「医療費を補填する保険金等」という。）には、次に掲げるようなものがあることに留意する。
（1） 社会保険又は共済に関する法律その他の法令の規定に基づき支給を受ける給付金のうち、健康保険法第87条第2項《療養費》、第97条第1項《移送費》、第101条《出産育児一時金》、第110条《家族療養費》、第112条第1項《家族移送費》、第114条《家族出産育児一時金》、第115条第1項《高額療養費》又は第115条の2第1項《高額介護合算療養費》の規定により支給を受ける療養費、移送費、出産育児一時金、家族療養費、家族移送費、家族出産育児一時金、高額療養費又は高額介護合算療養費のように医療費の支出の事由を給付原因として支給を受けるもの
（2） 損害保険契約又は生命保険契約（これらに類する共済契約を含む。）に基づき医療費の補填を目的として支払を受ける傷害費用保険金、医療保険金又は入院費給付金等（これらに類する共済金を含む。）
（3） 医療費の補填を目的として支払を受ける損害賠償金
（4） その他の法令の規定に基づかない任意の互助組織から医療費の補填を目的として支払を受ける給付金
73-9 医療費を補填する保険金等に当たらないもの
次に掲げるようなものは、医療費を補填する保険金等に当たらないことに留意する。
（1） 死亡したこと、重度障害の状態となったこと、療養のため労務に服することができなくなったことなどに基因して支払を受ける保険金、損害賠償金等
（2） 社会保険又は共済に関する法律の規定により支給を受ける給付金のうち、健康保険法第99条第1項《傷病手当金》又は第102条《出産手当金》の規定により支給を受ける傷病手当金又は出産手当金その他これらに類するもの
（3） 使用者その他の者から支払を受ける見舞金等（73-8の（4）に該当するものを除く。）