原告は，建築材料の販売等を目的とする株式会社である。
被告は税理士であり，原告は被告に対し，顧問税理士として昭和５３年４月ころから平成９年２月２８日までの間，原告の毎年５月１日から翌年４月３０日までを事業年度とする各年度の所得申告等の税務申告手続を委任してきた。
被告は，平成８年７月１日，原告の平成７年５月１日から平成８年４月３０日までの事業年度（平成７年度，申告期限は平成８年７月１日）の法人税等の確定申告を行った。
被告は，上記確定申告の際，
ア 原告が平成７年１１月２４日に代金４４００万円で購入した土地（前橋市ａ町ｂ丁目ｃ番地ｄ，以下
「本件土地」という。）に係る借入金の支払利子を損金に算入し，
イ 原告が平成２年７月１６日に売却した太平洋金属のワラント債及び同月１７日に売却した昭和電工のワ
ラント債（以下これらを「本件ワラント債」という。）の売却損を平成７年度の特別損失として計上し
た。
原告は，平成１０年４月２８日付けで，前橋税務署長によって，上記ア及びイの各処理を否認する内容の更正決定（以下「本件更正決定」という。）を受けた。
その更正通知書に記載された更正の理由は，要旨次のとおりである。
ア 新規取得土地等に係る負債利子の損金不算入額……１１０万円
貴社が平成７年１１月２４日に取得した本件土地４４００万円は新規取得土地等に該当しますので，当
該取得価額を基準取得価額として計算した新規取得土地等に係る負債利子の損金不算入額１１０万円は，
当事業年度の損金の額に算入されません。
イ 有価証券売却損の損金不算入額……合計２５４４万３４８９円
当事業年度に有価証券売却損として損金の額に算入した大平洋金属のワラント債売却損９０３万７２３
９円，昭和電工のワラント債売却損１６４０万６２５０円は，売却した平成２年７月１６日・１７日の属
する事業年度の損金として計上すべきものであり，当事業年度の損金の額に算入されません。