最高裁判所第一小法廷平成２１年（受）第１３３８号、平成２２年６月３日判決で原判決は破棄されました。
最高裁の判断は以下の通りでした。
国家賠償法１条１項は，「国又は公共団体の公権力の行使に当る公務員が，その職務を行うについて，故意又は過失によって違法に他人に損害を加えたときは，国又は公共団体が，これを賠償する責に任ずる。」と定めており，地方公共団体の公権力の行使に当たる公務員が，個別の国民に対して負担する職務上の法的義務に違背して当該国民に損害を加えたときは，当該地方公共団体がこれを賠償する責任を負う。
前記のとおり，地方税法は，固定資産評価審査委員会に審査を申し出ることができる事項について不服がある固定資産税等の納税者は，同委員会に対する審査の申出及びその決定に対する取消しの訴えによってのみ争うことができる旨を規定するが，同規定は，固定資産課税台帳に登録された価格自体の修正を求める手続に関するものであって（４３５条１項参照），
当該価格の決定が公務員の職務上の法的義務に違背してされた場合における国家賠償責任を否定する根拠となるものではない。
たとい固定資産の価格の決定及びこれに基づく固定資産税等の賦課決定に無効事由が認められない場合であっても，
公務員が納税者に対する職務上の法的義務に違背して当該固定資産の価格ないし固定資産税等の税額を過大に決定したときは，これによって損害を被った当該納税者は，地方税法４３２条１項本文に基づく審査の申出及び同法４３４条１項に基づく取消訴訟等の手続を経るまでもなく，国家賠償請求を行い得るものと解すべきである。
裁判官宮川光治の補足意見
原審は，前記のとおり，固定資産税等の賦課決定のような行政処分については，過納金相当額を損害とする国家賠償請求を許容すると，実質的に課税処分の取消訴訟と同一の効果を生じさせることとなって，課税処分等の不服申立方法・期間を制限した趣旨を潜脱することになり，課税処分の公定力をも否定することになる等として，課税処分に無効原因がない場合は，それが適法に取り消されない限り，国家賠償請求をすることは許されないとしている。しかしながら，効果を同じくするのは課税処分が金銭の徴収を目的とする行政処分であるからにすぎず，課税処分の公定力と整合させるために法律上の根拠なくそのように異なった取扱いをすることは，相当でないと思われる。
裁判官金築誠志の補足意見
課税処分のように，行政目的が専ら金銭の徴収に係り，その違法を理由とする取消訴訟と国家賠償訴訟の勝訴判決の効果が実質的に変わらない行政処分については，取消しを経ないで課税額を損害とする国家賠償請求を認めると，不服申立前置の意義が失われるおそれがあるばかりでなく，国家賠償訴訟を提起することができる間は実質的に取消訴訟を提起することができるのと同様になって，取消訴訟の出訴期間を定めた意味がなくなってしまうのではないかという問題点があることは否定できない。
国家賠償においては，取消しと異なり故意過失が要求され，また，その違法性判断について当裁判所の判例（最高裁平成元年（オ）第９３０号，第１０９３号同５年３月１１日第一小法廷判決・民集４７巻４号２８６３頁等）はいわゆる職務行為基準説を採っているから，この点でも要件に差異があることになる。もっとも，こうした要件上の差異が，実際上どの程度の結果の違いをもたらし得るかについては，見方の分かれるところかもしれない。しかし，取消しが認められても国家賠償は認められない場合があり得るということだけは，間違いなくいい得る。
課税処分の取消訴訟においては，原則的に，課税要件を充足する事実を課税主体側で立証する責任があると解すべきであるから，本件固定資産税についても，一般用倉庫として経年減点補正率を適用して評価課税する以上，本件倉庫が冷凍倉庫用のものではなく，一般用のものであることについて，課税主体である被上告人側に立証責任があることになる。
これに対し，国家賠償訴訟においては，違法性を積極的に根拠付ける事実については請求者側に立証責任があるから，本件倉庫が一般用のものではなく，冷凍倉庫用のものであることを請求者である上告人側が立証しなければならないと解される。上告人側が同事実を立証することは，損害額を明らかにするためにも必要である。立証責任について，課税処分一般におおむねこうした分配振りになるとすれば，課税処分から長期間が経過した後に国家賠償訴訟が提起されたとしても，課税主体側が立証上困難な立場に置かれるという事態は生じないと思われる。
以上のとおり，取消しを経ないで課税額を損害とする国家賠償請求を認めたとしても，不服申立前置の意義が失われるものではなく，取消訴訟の出訴期間を定めた意義が没却されてしまうという事態にもならないものと考える。