原告は，平成１２年７月２９日にＡが死亡したことによって取得した相続財産に係る相続税の申告を平成１３年５月２８日に行った。
その際，申告書には，課税価格１億２１７１万１０００円，納付すべき税額１２７３万８７００円と記載していた。
処分行政庁は，平成１５年４月１８日付けで，原告の相続税について，課税価格１億４９６３万円，納付すべき税額２０９６万９４００円とする更正処分及び過少申告加算税８２万３０００円とする賦課決定処分を行った。
処分行政庁は，平成８年２月２７日付けで，
〔１〕Ａの夫であるＢ（平成６年９月２７日死亡）の平成４年分所得税について，
Ｂの相続人であるＡほか６名に対して更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分を行うとともに
〔２〕Ａの平成５年分所得税についても更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分を行った
Ａは，平成８年８月９日，
〔１〕により確定した納付すべき税額のうち，Ａの相続分（２分の１）に係る所得税１９１１万８９００円
のうち１８９３万９２００円，過少申告加算税２６７万３０００円及び延滞税２３０万１５００円，
〔２〕により確定した納付すべき税額である所得税３０４万１８００円，過少申告加算税４１万７０００円
及び延滞税３６万６６００円を納付した
Ａは，別件所得税更正処分について，異議申立て及び審査請求を経て，平成９年４月１１日，大分地方裁判所に対し，所得税課税処分取消請求事件をと提起した。
Ａは，別件所得税更正処分取消訴訟の係属中である平成１２年７月２９日に死亡し，その相続人である原告が，同事件の当事者の地位を承継した。
大分地裁は，平成１３年９月２５日及び同年１０月２日，別件所得税更正処分取消訴訟につき，同処分を取り消す旨の判決を言い渡し，その判決は，同月１７日に確定した。
処分行政庁は，同年１２月２６日，別件所得税更正処分取消訴訟の判決確定を受けて，上記納付及び充当された所得税額，過少申告加算税額及び延滞税額のほか，国税通則法５８条の規定に基づく還付加算金８５１万１７００円を原告に還付した。
処分行政庁は，平成１４年１月２９日，平成１３年還付加算金の計算に誤りがあったとして，還付加算金９０万６００円を原告に還付した。
原告は，平成１４年３月１５日付けで，処分行政庁に対し，本件過納金及び平成１３年還付加算金を一時所得として計算し，平成１３年分所得税の確定申告書を提出した。
原告は，平成１５年３月１３日付けで，処分行政庁に対し，平成１４年還付加算金を一時所得として計算し，平成１４年分所得税の確定申告書を提出した。