医療費控除の対象となる医療費は病状などに応じて一般的に支出される水準を著しく超えない部分の金額が対象となります。
人間ドックなどの健康診断や特定健康診査の費用は控除の対象となりませんが、健康診断の結果、重大な疾病が発見された場合で、引き続き治療を受けるとき、
又は特定健康診査を行った医師の指示に基づき一定の特定保健指導を受けたときには、健康診断や特定健康診査の費用も医療費控除の対象となります。
人間ドックについてはお金持ちの人はどんどんお金をかけて精密な検査ができるのですが、それを医療費控除として認めるのは、課税の公平の面から適当ではないとされるのです。